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《资治通鉴》本身有不少错误
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《资治通鉴》虽被誉为“体例严谨，脉络清晰，网罗宏大，体大思精，史料充实，考证稽详，叙事详明，繁简得宜”，但因时代所限，《资治通鉴》本身也有不少错误，举例如下：
《通鉴》载商鞅变法：“告奸者与斩敌首同赏，不告奸者与降敌同罚。”《史记·商君本传》原文为：“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首赏，匿奸者与降敌同罚”，二者有不小出入，又商鞅变法实行“明尊卑爵秩等级，各以差次名田宅，臣妾衣服以家次”的政策，《通鉴》删“以家次”三字。
《资治通鉴》沿用《史记·苏秦列传》记载的苏秦与张仪“合纵连横”之说，但1973年在长沙马王堆汉墓出土《战国纵横家书》证明苏秦死于公元前284年，张仪死于公元前310年，苏秦的活动均在张仪死后。张仪在秦国当宰相时，苏秦还没踏上政坛。
《资治通鉴》卷五“周赧王五十五年”载：长平之战后，白起“前后斩首虏四十五万人;赵人大震。”这是照搬《史记》的讲法，但胡三省作注却表示怀疑：“此言秦兵自挫廉颇至大破赵括，前后所斩首虏之数耳。兵非大败，四十万人安肯束手而死邪！”
《资治通鉴》卷十七：“（石庆）庆尝为太仆，御出，上问车中几马，庆以策数马毕，举手曰：‘六马。’庆于诸子中最为简易矣。”这段文字取自《史记·万石君列传》，却把最后一句“然犹如此”削去，失去司马迁“然犹如此”的原意。
《飞燕外传》记淖方成骂赵飞燕妹赵婕妤“此祸水也﹐灭火必矣”的话﹐曾被司马光加载《通鉴》，鲁迅怀疑此书是“唐宋人所为”。
史家严耕望指出《资治通鉴》对云台二十八将的排列顺序有误。
《资治通鉴》卷四十三《汉纪》建武十五年条云：“冬，十一月，甲戌，大司徒歙坐前为汝南太守及度田不实，赃罪千余万，下狱。……歙死狱中。”依据《太平御览》卷551《礼义部·棺门》引《东观汉纪》曰：“大司徒欧阳歙坐在汝南赃罪死狱中”说法，欧阳歙下狱原因是汝南赃罪之事。
《资治通鉴》卷六十，称刘备是“中山靖王之后也。”胡三省注《资治通鉴》卷六十《汉纪》时指出：“《蜀书》云备中山靖王胜子陆城亭侯贞之后，然自祖父以上世系不可考。”
《资治通鉴》卷六十五：“权抚其背曰：‘公瑾，卿言至此，甚合孤心。子布、元表诸人，各顾妻子，挟持私虑，深失所望；独卿与子敬与孤同耳，此天以卿二人赞孤也。五万兵难卒合，已选三万人，船粮战具俱办。卿与子敬、程公便在前发，孤当续发人众，多载资粮，为卿后援。卿能办之者诚决，邂逅不如意，便还就孤，孤当与孟德决之。’”朱舜水曾指出“诚决”二字不可解，当是“诚快”之误。
《三国志》记赤壁之战，周瑜“乃取蒙冲斗舰数十艘，实以薪草，膏油灌其中，裹以帷幕，上建牙旗，先书报曹公，欺以欲降”。而司马光则记载为“乃取蒙冲斗舰十艘”。
《资治通鉴》魏纪太和二年记载：“收马谡下狱，杀之。”但《三国志》卷39《马良附马谡传》，记“谡下狱故物”，应是病死狱中。
《后出师表》是否出自诸葛亮之手，至今还有争论，而《资治通鉴》全文照录。
《通鉴》卷七九载晋武帝泰始二年（266年）“二月，除汉宗室禁锢。”这是沿用《晋书·武帝纪》“除汉宗室禁锢”的错误。
《资治通鉴》卷九十九记载：“（慕容）俊大赦，立闵而责之曰：‘汝奴仆下才，何得妄称帝？’”《晋书》从未记载慕容俊大赦冉闵，《资治通鉴》时特意加上“大赦”一词与《晋书》原文不合。
《资治通鉴》卷一百一载：“刘卫辰复叛代，代王什翼犍东渡河，击走之。”有误，东渡河者不可能是什翼犍，应是刘卫辰，如《魏书·序纪》载：“二十八年（365）春正月，卫辰谋反，东渡河。”。
《资治通鉴》卷第一百二十一说“冲及荥阳太守崔模俱降魏。”《魏书》与《宋书》都记宋军司州刺史尹冲壮烈牺牲，仅荥阳太守崔模投降。
《资治通鉴》卷123《宋纪》文帝元嘉十六年载：“凉州自张氏以来，号为多士。沮渠牧犍尤喜文学，以敦煌阚骃为姑城太守，张湛为兵部尚书，刘昞、索敞、阴兴为国师助教”。《魏书》卷52《刘昞传》载:“……牧犍尊（刘昞）为国师。”而索敞是刘昞助教，“专心经籍，尽能传昞之业”[76]。
两《唐书》将“特勤”之误为“特勒”，《资治通鉴》对此并无纠正，将错就错，《资治通鉴》卷一六四：“土门自号伊利可汗，号其妻为可贺敦，子弟谓之特勒。”《通鉴考异》：“诸书或作特勤，今从刘昫《旧唐书》及宋祁《新唐书》。”。
《晋书》记载：“屯据四方者，所在承闵书诛之”，而《资治通鉴》则记载：“其屯戍四方者，闵皆以书命赵人为将帅者诛之”，后赵军队多由胡人组成，只有冉闵是唯一的汉人“将帅”，冉闵绝无能力“命赵人为将帅者”诛杀胡兵。
《晋书》载吕光的第一个年号“太安”，而《资治通鉴》记载为“大安”。
《资治通鉴》卷一百一十三载“秦遣使者梁构至张掖。”应是姚兴遣使梁斐、张构至张掖拜访沮渠蒙逊，此处误二人为一人。
《资治通鉴·卷第一百六十一》载：侯景攻城，“城内掷雉尾炬，焚其东山，楼栅荡尽，贼积死于城下。”，胡三省在注里更正：“死于城下者，岂能贼哉？侯景驱民以攻城，以其党迫蹙于后，攻城之人，退则死于贼手，进则死于矢石。”
《资治通鉴》卷一百七十一《陈纪五》记：“齐主游南苑，从官赐死者六十人。”《北齐书》和《北史》的记载：“壬子，幸南苑，从官暍死者六十人。”，“暍”字改成“赐”字。朱熹写《通鉴纲目》，赞同《资治通鉴》的说法：“杀其从官六十人”。
《通鉴》卷一七八记载，开皇十九年达头可汗败代州总管韩弘于恒安，仁寿元年正月下又载：“突厥步迦可汗犯塞，败代州总管韩弘于恒安。”显然是一事两载。
《资治通鉴》卷一八一载：大业五年“是时天下凡有郡一百九十，县一千二百五十五，户八百九十万有奇。东西九千三百里，南北万四千八百一十五里。隋氏之盛，极于此矣。”但大业六年，隋炀帝灭吐谷浑次年，隋军又攻下伊吾，并设伊吾郡，这时才是隋朝最大疆域。
《通鉴》卷175记染干（启民可汗）为沙钵略之子，卷178却载“处罗侯之子染干，号突利可汗”，显然一事两说。
《通鉴》卷一八四隋恭帝义宁元年七月载温大雅复李密书“吾虽庸劣，幸承余绪，出为八使，入典六屯，颠而不扶，通贤所责。”查温大雅《大唐创业起居注》实乃“入典八屯”之误。
《资治通鉴·唐纪》载：“（太宗）得佳鹞，自臂之，望见征来，匿怀中；征奏事固久不已，鹞竟死怀中。”焦竑认为此事不见于《唐书·魏徵传》，应该是误引《唐书·白居易传》：“《献续虞人箴》曰：‘降及宋璟，玄谏玄宗。温颜听纳，献替从容。璟趋以出，鹞死怀中。’”。
节度使始置于何时，史籍记载互有出入。《资治通鉴》称节度使之名自薛讷始，《唐会要》卷七十八“节度使”、《通典》卷三十二“职官”四、《通志》卷五十六“职官”六，均言景云二年四月以贺拔延嗣为河西节度使，乃节度使之始。
《资治通鉴》卷二百永徽六年十一月条载“武后数见王、萧为祟，被发沥血如死时状。后徙居蓬莱宫，复见之，故多在洛阳，终身不归长安。”这是错误的，终高宗之世，在长安居多。
《资治通鉴》卷二○二在叙述仪凤三年（678年）魏元忠上书：“出师之要，全资马力。臣请开畜马之禁，使百姓皆得畜马；若官军大举，委州县长吏以官钱增价市之，则皆为官有。彼胡虏恃马力以为强，若听人间市而畜之，乃是损彼之强为中国之利也”。《通鉴》有以下结论“先是禁百姓畜马，故元忠言之。”《新唐书·元忠传》说的是“弛天下马禁，使民得乘大马”，是“禁乘马”非“禁畜马”。
《资治通鉴·卷第二百一十四》记载，开元二十二年“凿漕渠十八里，以避三门之险。”胡三省注：“参考新、旧志，乃是凿山开车路十八里，非漕渠也。”
《资治通鉴·卷第二百二》记载，吐蕃芒松芒赞死于调露元年（679年）二月十一日，有误。据《敦煌本吐蕃历史文书》记载，芒松芒赞死于仪凤元年（676）。
高安陈汝奇在《陈氏甘露园长书四论》认为《资治通鉴》将只见诸野史的杨贵妃、安禄山之事纳之正史而失之客观。
《资治通鉴》卷二百二十二载：“壬戌，以兵部侍郎严武为西川节度使。”据钱谦益《钱注杜诗》卷十二：“宝应元年四月，代宗即位，召武入朝。是年，徐知道反，武阻兵，九月尚未出巴。《通鉴》载：六月，以武为西川节度使，徐知道守要害拒武。误矣。当以此诗正之。”
《资治通鉴·卷第二百四十三》载，“蕡由是不得仁于朝，终于使府御史。”《唐鉴》载刘蕡“终于柳州司户”。
唐代宦官鱼弘志，《新唐书·仇士良传》作“鱼弘志”，《旧唐书》偶有误为“鱼志弘”，《资治通鉴》卷245大和九年十一月壬戌作鱼志弘，《资治通鉴》卷246作开成五年正月己卯又作鱼弘志，相互混淆。
两《唐书》之《卢坦传》载元和八年西受降城为振武河所毁，因宰相李吉甫请移兵天德城事；与《宪宗本纪》记元和七年振武河毁东受降城事本为二事，《资治通鉴》卷二三八唐纪五五元和八年条将两事混为一谈，《考异》甚至表示：“三者不同，莫知孰是。”。
《通鉴》取《旧唐书》卷120《郭子仪附郭钊传》，“十五年正月，宪宗寝疾弥旬，诸中贵人秉权者欲议废立，纷纷未定。”又直接把其中的“中贵人”改为吐突承璀，但是当时吐突承璀外放淮南监军。
《资治通鉴·卷第二百四十七》载，会昌四年（844年）三月条，“朝廷以四鹘衰微，吐蕃内乱，议复河湟四镇十八州，乃以给事中刘濛为巡边使。”考刘濛为巡边使，应从《实录》所载之会昌五年(845) 二月二十五日。
《通鉴》卷247 载河湟陷蕃“十八州”，取材自《新唐书·黠戛斯传》载李德裕的《赐缘边诸镇密诏意》，岑仲勉认为陇右陷蕃者尚有肃州，应为十九州。
《资治通鉴·卷第二百四十八》载：“上尝以太宗所撰《金镜》授绹，使读之，‘至乱未尝不任不肖，至治未尝不任忠贤’”；其中“至”为衍字，《文苑英华》卷三六〇无“至”字。
《资治通鉴》卷249“大中十年（856年）六月条”载：郑颢欲为宰相，“户部侍郎、判户部、附马都尉郑颢营求作相甚切。其父祗德与书曰：‘闻汝已判户部，是吾必死之年；又闻欲求宰相，是吾必死之日也！’颢惧，累表辞剧务。冬，十月，乙酉，以颢为秘书监。”查《卢氏郑夫人墓志》载郑颢辞职的原因是无法凑足五十万贯的和籴钱。
《资治通鉴·卷第二百四十九》载：“河东节度使李业纵吏民侵掠杂虏，又妄杀降者，由是北边扰动。”事实在党项之叛不始于李业，开成中河东节度使王宰任盐州刺史，“好以法临党项，羌人不安” ，上元元年（760）“党项等羌吞噬边鄙，将逼京畿”]；十二月，再以凤翔节度使李安业、河东节度使李拭为招讨党项使。
《资治通鉴》卷二七七后唐明宗长兴三年记载“后唐明宗李嗣源与契丹主阿保机约为兄弟”，应是李嗣源与耶律德光约为兄弟。
再如《资治通鉴》记年方式多有不当之处：
齐人伐燕的时间（前313年），司马光舍《史记·齐世家》的编年，未据《纪年》详加考查，只增加齐威王十年，减少齐湣王十年，以求与《孟子》记载齐宣王伐燕的事迹相同，宋朝朱熹经考订认为是齐湣王十年，据今人[谁？]考证金文《陈璋壶铭》云：“佳主五年，奠□陈得再立事岁，孟冬戊辰，大臧□孔璋内伐匽（燕）亳邦之获。”，实际上为齐宣王五年。
另乐毅伐齐中也有不少错误。
《通鉴》卷十五（汉纪七）文帝后二年：“八月，戊戌，丞相张苍免。”但据《二十史朔闰表》文帝后二年八月丁卯朔，月内无戊戌。
《通鉴》称建安十八年“九月，阜与叙进兵，入卤城，昂、奉据祁山，以讨超。超闻之，大怒，赵衢因谲说超，使自出击之。超出，衢与梁宽闭冀城门，尽杀超妻子”，《三国志》则记为建安十九年正月。应以《三国志》为准。
《通鉴》记载蒋琬卒年为正始六年“冬，十一月”，而《三国志·后主传》则称：“（延熙九年）冬十一月，大司马蒋琬卒”。应以《三国志》为准。
《资治通鉴》卷十一，汉纪三，高帝五年（前102年）载：张良“家世相韩，及韩天，不爱万金之资，为韩报摊强秦，天下振动。今以三寸舌为帝者师，封万户侯，此布衣之极，于良足矣。愿弃人间事，欲从赤松子游耳。”查阅《史记·留侯世家》，张良是在高帝六年正月被封为留侯的。
《通鉴》卷六十一兴平二年载：“夏，四月，甲子，立贵人琅邪伏氏为皇后；以后父侍中完为执金吾。”《资治通鉴疑年录》据《献帝纪》定为甲午。
《资治通鉴》在记述隋炀帝西巡行程中均出现诸多失误，六月二十三日以后由张掖前往焉支山的时间提前到高昌王六月十七日到达张掖的当天。
《通鉴》卷191武德九年四月条载：“丁卯，突厥寇朔州：庚午，寇原州：癸酉，寇泾州。戊寅，安州大都督李靖与突厥颉利可汗战于灵州之硖石。”按武德九年四月无“丁卯”、“庚午”、“癸酉”、“戊寅”，日期完全错乱。
《通鉴》载贞观十一年七月、十一月均记突厥大雪，杂畜多死，为一事两载。
《通鉴》卷249载大中二年马植拜相，与左神策中尉马元贽叙同宗交结，四年，贬常州刺史。两唐书皆记罢相之年为大中三年。
吴玉贵著有《资治通鉴疑年录》归纳出《通鉴》纪时所发生错误，共计得出八百八十八例，可补此方面的缺失。
另外《通鉴》在剪裁上也有一些失误。卷第四十五载
“ 帝览章，深自引咎，以所上班示百官。诏曰：“群僚所言，皆朕之过。民冤不能理，吏黠不能禁；而轻用民力，缮修宫宇，出入无节，喜怒过差。永览前戒，辣然兢惧；徒恐薄德，久而致怠耳！” ”
“永览前戒”一语很明显是摘录了《后汉书·明帝纪》：“永览前戒，竦然兢惧。”，但何谓“前戒”，通鉴并无说明。查《后汉书》显宗孝明帝纪第二原文为
“ 诏曰：“群僚所言，皆朕之过。人冤不能理，吏黠不能禁；而轻用人力，缮修宫宇，出入无节，喜怒过差。昔应门失守，《关睢》刺世；飞蓬随风，微子所叹。永览前戒，竦然兢惧。徒恐薄德，久而致怠耳。” ”
“昔应门失守，《关睢》刺世；飞蓬随风，微子所叹。”即是“前戒”之语被司马光所误删。又如《通鉴》卷一百一十八载：“（刘）裕以（王）康为河东太守，遣兵救之，平等皆散走。”胡注曰：“详考上文，未知平等为何人？”显然胡三省也被难倒了，今考《宋书·王康传》，“平等”即指邵平等人，为温公所误削。又《通鉴》卷一七八记载杨勇之说：“若有谏者，正当斩之，不杀百许人，自然永息。”此处“不杀百许人”应是“不过杀百许人”之误，漏失“过”字而失原意，诸如此类，“误删”或“漏句”的例子在《通鉴》中可谓屡见不鲜。
宋朝的朱熹在《朱子语类》的〈历代一〉中，有直接的批评：“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？只得与他存在。若每处删去数行，只读著都无血脉意思，何如存之，却别作论说以断之。”又说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》之类多矣。”明代严衍熟读《资治通鉴》，著有《资治通鉴补》，列举通鉴有七病（漏、复、紊、杂、误、执、诬）。
近人岑仲勉认为《通鉴》对牛僧孺说“失一维州，无害其（吐蕃）强”的评价有偏颇之嫌，司马光还不惜歪曲事实，玩弄文字游戏，并批评《通鉴》“怀挟私见，丧失了史家的公正立场”。岑仲勉还写有《通鉴隋唐纪比事质疑》，自称纠正《通鉴》的谬误，共670余条。
《通鉴》载商鞅变法：“告奸者与斩敌首同赏，不告奸者与降敌同罚。”《史记·商君本传》原文为：“不告奸者腰斩，告奸者与斩敌首赏，匿奸者与降敌同罚”，二者有不小出入，又商鞅变法实行“明尊卑爵秩等级，各以差次名田宅，臣妾衣服以家次”的政策，《通鉴》删“以家次”三字。
《资治通鉴》沿用《史记·苏秦列传》记载的苏秦与张仪“合纵连横”之说，但1973年在长沙马王堆汉墓出土《战国纵横家书》证明苏秦死于公元前284年，张仪死于公元前310年，苏秦的活动均在张仪死后。张仪在秦国当宰相时，苏秦还没踏上政坛。
《资治通鉴》卷五“周赧王五十五年”载：长平之战后，白起“前后斩首虏四十五万人;赵人大震。”这是照搬《史记》的讲法，但胡三省作注却表示怀疑：“此言秦兵自挫廉颇至大破赵括，前后所斩首虏之数耳。兵非大败，四十万人安肯束手而死邪！”
《资治通鉴》卷十七：“（石庆）庆尝为太仆，御出，上问车中几马，庆以策数马毕，举手曰：‘六马。’庆于诸子中最为简易矣。”这段文字取自《史记·万石君列传》，却把最后一句“然犹如此”削去，失去司马迁“然犹如此”的原意。
《飞燕外传》记淖方成骂赵飞燕妹赵婕妤“此祸水也﹐灭火必矣”的话﹐曾被司马光加载《通鉴》，鲁迅怀疑此书是“唐宋人所为”。
史家严耕望指出《资治通鉴》对云台二十八将的排列顺序有误。
《资治通鉴》卷四十三《汉纪》建武十五年条云：“冬，十一月，甲戌，大司徒歙坐前为汝南太守及度田不实，赃罪千余万，下狱。……歙死狱中。”依据《太平御览》卷551《礼义部·棺门》引《东观汉纪》曰：“大司徒欧阳歙坐在汝南赃罪死狱中”说法，欧阳歙下狱原因是汝南赃罪之事。
《资治通鉴》卷六十，称刘备是“中山靖王之后也。”胡三省注《资治通鉴》卷六十《汉纪》时指出：“《蜀书》云备中山靖王胜子陆城亭侯贞之后，然自祖父以上世系不可考。”
《资治通鉴》卷六十五：“权抚其背曰：‘公瑾，卿言至此，甚合孤心。子布、元表诸人，各顾妻子，挟持私虑，深失所望；独卿与子敬与孤同耳，此天以卿二人赞孤也。五万兵难卒合，已选三万人，船粮战具俱办。卿与子敬、程公便在前发，孤当续发人众，多载资粮，为卿后援。卿能办之者诚决，邂逅不如意，便还就孤，孤当与孟德决之。’”朱舜水曾指出“诚决”二字不可解，当是“诚快”之误。
《三国志》记赤壁之战，周瑜“乃取蒙冲斗舰数十艘，实以薪草，膏油灌其中，裹以帷幕，上建牙旗，先书报曹公，欺以欲降”。而司马光则记载为“乃取蒙冲斗舰十艘”。
《资治通鉴》魏纪太和二年记载：“收马谡下狱，杀之。”但《三国志》卷39《马良附马谡传》，记“谡下狱故物”，应是病死狱中。
《后出师表》是否出自诸葛亮之手，至今还有争论，而《资治通鉴》全文照录。
《通鉴》卷七九载晋武帝泰始二年（266年）“二月，除汉宗室禁锢。”这是沿用《晋书·武帝纪》“除汉宗室禁锢”的错误。
《资治通鉴》卷九十九记载：“（慕容）俊大赦，立闵而责之曰：‘汝奴仆下才，何得妄称帝？’”《晋书》从未记载慕容俊大赦冉闵，《资治通鉴》时特意加上“大赦”一词与《晋书》原文不合。
《资治通鉴》卷一百一载：“刘卫辰复叛代，代王什翼犍东渡河，击走之。”有误，东渡河者不可能是什翼犍，应是刘卫辰，如《魏书·序纪》载：“二十八年（365）春正月，卫辰谋反，东渡河。”。
《资治通鉴》卷第一百二十一说“冲及荥阳太守崔模俱降魏。”《魏书》与《宋书》都记宋军司州刺史尹冲壮烈牺牲，仅荥阳太守崔模投降。
《资治通鉴》卷123《宋纪》文帝元嘉十六年载：“凉州自张氏以来，号为多士。沮渠牧犍尤喜文学，以敦煌阚骃为姑城太守，张湛为兵部尚书，刘昞、索敞、阴兴为国师助教”。《魏书》卷52《刘昞传》载:“……牧犍尊（刘昞）为国师。”而索敞是刘昞助教，“专心经籍，尽能传昞之业”[76]。
两《唐书》将“特勤”之误为“特勒”，《资治通鉴》对此并无纠正，将错就错，《资治通鉴》卷一六四：“土门自号伊利可汗，号其妻为可贺敦，子弟谓之特勒。”《通鉴考异》：“诸书或作特勤，今从刘昫《旧唐书》及宋祁《新唐书》。”。
《晋书》记载：“屯据四方者，所在承闵书诛之”，而《资治通鉴》则记载：“其屯戍四方者，闵皆以书命赵人为将帅者诛之”，后赵军队多由胡人组成，只有冉闵是唯一的汉人“将帅”，冉闵绝无能力“命赵人为将帅者”诛杀胡兵。
《晋书》载吕光的第一个年号“太安”，而《资治通鉴》记载为“大安”。
《资治通鉴》卷一百一十三载“秦遣使者梁构至张掖。”应是姚兴遣使梁斐、张构至张掖拜访沮渠蒙逊，此处误二人为一人。
《资治通鉴·卷第一百六十一》载：侯景攻城，“城内掷雉尾炬，焚其东山，楼栅荡尽，贼积死于城下。”，胡三省在注里更正：“死于城下者，岂能贼哉？侯景驱民以攻城，以其党迫蹙于后，攻城之人，退则死于贼手，进则死于矢石。”
《资治通鉴》卷一百七十一《陈纪五》记：“齐主游南苑，从官赐死者六十人。”《北齐书》和《北史》的记载：“壬子，幸南苑，从官暍死者六十人。”，“暍”字改成“赐”字。朱熹写《通鉴纲目》，赞同《资治通鉴》的说法：“杀其从官六十人”。
《通鉴》卷一七八记载，开皇十九年达头可汗败代州总管韩弘于恒安，仁寿元年正月下又载：“突厥步迦可汗犯塞，败代州总管韩弘于恒安。”显然是一事两载。
《资治通鉴》卷一八一载：大业五年“是时天下凡有郡一百九十，县一千二百五十五，户八百九十万有奇。东西九千三百里，南北万四千八百一十五里。隋氏之盛，极于此矣。”但大业六年，隋炀帝灭吐谷浑次年，隋军又攻下伊吾，并设伊吾郡，这时才是隋朝最大疆域。
《通鉴》卷175记染干（启民可汗）为沙钵略之子，卷178却载“处罗侯之子染干，号突利可汗”，显然一事两说。
《通鉴》卷一八四隋恭帝义宁元年七月载温大雅复李密书“吾虽庸劣，幸承余绪，出为八使，入典六屯，颠而不扶，通贤所责。”查温大雅《大唐创业起居注》实乃“入典八屯”之误。
《资治通鉴·唐纪》载：“（太宗）得佳鹞，自臂之，望见征来，匿怀中；征奏事固久不已，鹞竟死怀中。”焦竑认为此事不见于《唐书·魏徵传》，应该是误引《唐书·白居易传》：“《献续虞人箴》曰：‘降及宋璟，玄谏玄宗。温颜听纳，献替从容。璟趋以出，鹞死怀中。’”。
节度使始置于何时，史籍记载互有出入。《资治通鉴》称节度使之名自薛讷始，《唐会要》卷七十八“节度使”、《通典》卷三十二“职官”四、《通志》卷五十六“职官”六，均言景云二年四月以贺拔延嗣为河西节度使，乃节度使之始。
《资治通鉴》卷二百永徽六年十一月条载“武后数见王、萧为祟，被发沥血如死时状。后徙居蓬莱宫，复见之，故多在洛阳，终身不归长安。”这是错误的，终高宗之世，在长安居多。
《资治通鉴》卷二○二在叙述仪凤三年（678年）魏元忠上书：“出师之要，全资马力。臣请开畜马之禁，使百姓皆得畜马；若官军大举，委州县长吏以官钱增价市之，则皆为官有。彼胡虏恃马力以为强，若听人间市而畜之，乃是损彼之强为中国之利也”。《通鉴》有以下结论“先是禁百姓畜马，故元忠言之。”《新唐书·元忠传》说的是“弛天下马禁，使民得乘大马”，是“禁乘马”非“禁畜马”。
《资治通鉴·卷第二百一十四》记载，开元二十二年“凿漕渠十八里，以避三门之险。”胡三省注：“参考新、旧志，乃是凿山开车路十八里，非漕渠也。”
《资治通鉴·卷第二百二》记载，吐蕃芒松芒赞死于调露元年（679年）二月十一日，有误。据《敦煌本吐蕃历史文书》记载，芒松芒赞死于仪凤元年（676）。
高安陈汝奇在《陈氏甘露园长书四论》认为《资治通鉴》将只见诸野史的杨贵妃、安禄山之事纳之正史而失之客观。
《资治通鉴》卷二百二十二载：“壬戌，以兵部侍郎严武为西川节度使。”据钱谦益《钱注杜诗》卷十二：“宝应元年四月，代宗即位，召武入朝。是年，徐知道反，武阻兵，九月尚未出巴。《通鉴》载：六月，以武为西川节度使，徐知道守要害拒武。误矣。当以此诗正之。”
《资治通鉴·卷第二百四十三》载，“蕡由是不得仁于朝，终于使府御史。”《唐鉴》载刘蕡“终于柳州司户”。
唐代宦官鱼弘志，《新唐书·仇士良传》作“鱼弘志”，《旧唐书》偶有误为“鱼志弘”，《资治通鉴》卷245大和九年十一月壬戌作鱼志弘，《资治通鉴》卷246作开成五年正月己卯又作鱼弘志，相互混淆。
两《唐书》之《卢坦传》载元和八年西受降城为振武河所毁，因宰相李吉甫请移兵天德城事；与《宪宗本纪》记元和七年振武河毁东受降城事本为二事，《资治通鉴》卷二三八唐纪五五元和八年条将两事混为一谈，《考异》甚至表示：“三者不同，莫知孰是。”。
《通鉴》取《旧唐书》卷120《郭子仪附郭钊传》，“十五年正月，宪宗寝疾弥旬，诸中贵人秉权者欲议废立，纷纷未定。”又直接把其中的“中贵人”改为吐突承璀，但是当时吐突承璀外放淮南监军。
《资治通鉴·卷第二百四十七》载，会昌四年（844年）三月条，“朝廷以四鹘衰微，吐蕃内乱，议复河湟四镇十八州，乃以给事中刘濛为巡边使。”考刘濛为巡边使，应从《实录》所载之会昌五年(845) 二月二十五日。
《通鉴》卷247 载河湟陷蕃“十八州”，取材自《新唐书·黠戛斯传》载李德裕的《赐缘边诸镇密诏意》，岑仲勉认为陇右陷蕃者尚有肃州，应为十九州。
《资治通鉴·卷第二百四十八》载：“上尝以太宗所撰《金镜》授绹，使读之，‘至乱未尝不任不肖，至治未尝不任忠贤’”；其中“至”为衍字，《文苑英华》卷三六〇无“至”字。
《资治通鉴》卷249“大中十年（856年）六月条”载：郑颢欲为宰相，“户部侍郎、判户部、附马都尉郑颢营求作相甚切。其父祗德与书曰：‘闻汝已判户部，是吾必死之年；又闻欲求宰相，是吾必死之日也！’颢惧，累表辞剧务。冬，十月，乙酉，以颢为秘书监。”查《卢氏郑夫人墓志》载郑颢辞职的原因是无法凑足五十万贯的和籴钱。
《资治通鉴·卷第二百四十九》载：“河东节度使李业纵吏民侵掠杂虏，又妄杀降者，由是北边扰动。”事实在党项之叛不始于李业，开成中河东节度使王宰任盐州刺史，“好以法临党项，羌人不安” ，上元元年（760）“党项等羌吞噬边鄙，将逼京畿”]；十二月，再以凤翔节度使李安业、河东节度使李拭为招讨党项使。
《资治通鉴》卷二七七后唐明宗长兴三年记载“后唐明宗李嗣源与契丹主阿保机约为兄弟”，应是李嗣源与耶律德光约为兄弟。
再如《资治通鉴》记年方式多有不当之处：
齐人伐燕的时间（前313年），司马光舍《史记·齐世家》的编年，未据《纪年》详加考查，只增加齐威王十年，减少齐湣王十年，以求与《孟子》记载齐宣王伐燕的事迹相同，宋朝朱熹经考订认为是齐湣王十年，据今人[谁？]考证金文《陈璋壶铭》云：“佳主五年，奠□陈得再立事岁，孟冬戊辰，大臧□孔璋内伐匽（燕）亳邦之获。”，实际上为齐宣王五年。
另乐毅伐齐中也有不少错误。
《通鉴》卷十五（汉纪七）文帝后二年：“八月，戊戌，丞相张苍免。”但据《二十史朔闰表》文帝后二年八月丁卯朔，月内无戊戌。
《通鉴》称建安十八年“九月，阜与叙进兵，入卤城，昂、奉据祁山，以讨超。超闻之，大怒，赵衢因谲说超，使自出击之。超出，衢与梁宽闭冀城门，尽杀超妻子”，《三国志》则记为建安十九年正月。应以《三国志》为准。
《通鉴》记载蒋琬卒年为正始六年“冬，十一月”，而《三国志·后主传》则称：“（延熙九年）冬十一月，大司马蒋琬卒”。应以《三国志》为准。
《资治通鉴》卷十一，汉纪三，高帝五年（前102年）载：张良“家世相韩，及韩天，不爱万金之资，为韩报摊强秦，天下振动。今以三寸舌为帝者师，封万户侯，此布衣之极，于良足矣。愿弃人间事，欲从赤松子游耳。”查阅《史记·留侯世家》，张良是在高帝六年正月被封为留侯的。
《通鉴》卷六十一兴平二年载：“夏，四月，甲子，立贵人琅邪伏氏为皇后；以后父侍中完为执金吾。”《资治通鉴疑年录》据《献帝纪》定为甲午。
《资治通鉴》在记述隋炀帝西巡行程中均出现诸多失误，六月二十三日以后由张掖前往焉支山的时间提前到高昌王六月十七日到达张掖的当天。
《通鉴》卷191武德九年四月条载：“丁卯，突厥寇朔州：庚午，寇原州：癸酉，寇泾州。戊寅，安州大都督李靖与突厥颉利可汗战于灵州之硖石。”按武德九年四月无“丁卯”、“庚午”、“癸酉”、“戊寅”，日期完全错乱。
《通鉴》载贞观十一年七月、十一月均记突厥大雪，杂畜多死，为一事两载。
《通鉴》卷249载大中二年马植拜相，与左神策中尉马元贽叙同宗交结，四年，贬常州刺史。两唐书皆记罢相之年为大中三年。
吴玉贵著有《资治通鉴疑年录》归纳出《通鉴》纪时所发生错误，共计得出八百八十八例，可补此方面的缺失。
另外《通鉴》在剪裁上也有一些失误。卷第四十五载
“ 帝览章，深自引咎，以所上班示百官。诏曰：“群僚所言，皆朕之过。民冤不能理，吏黠不能禁；而轻用民力，缮修宫宇，出入无节，喜怒过差。永览前戒，辣然兢惧；徒恐薄德，久而致怠耳！” ”
“永览前戒”一语很明显是摘录了《后汉书·明帝纪》：“永览前戒，竦然兢惧。”，但何谓“前戒”，通鉴并无说明。查《后汉书》显宗孝明帝纪第二原文为
“ 诏曰：“群僚所言，皆朕之过。人冤不能理，吏黠不能禁；而轻用人力，缮修宫宇，出入无节，喜怒过差。昔应门失守，《关睢》刺世；飞蓬随风，微子所叹。永览前戒，竦然兢惧。徒恐薄德，久而致怠耳。” ”
“昔应门失守，《关睢》刺世；飞蓬随风，微子所叹。”即是“前戒”之语被司马光所误删。又如《通鉴》卷一百一十八载：“（刘）裕以（王）康为河东太守，遣兵救之，平等皆散走。”胡注曰：“详考上文，未知平等为何人？”显然胡三省也被难倒了，今考《宋书·王康传》，“平等”即指邵平等人，为温公所误削。又《通鉴》卷一七八记载杨勇之说：“若有谏者，正当斩之，不杀百许人，自然永息。”此处“不杀百许人”应是“不过杀百许人”之误，漏失“过”字而失原意，诸如此类，“误删”或“漏句”的例子在《通鉴》中可谓屡见不鲜。
宋朝的朱熹在《朱子语类》的〈历代一〉中，有直接的批评：“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？只得与他存在。若每处删去数行，只读著都无血脉意思，何如存之，却别作论说以断之。”又说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》之类多矣。”明代严衍熟读《资治通鉴》，著有《资治通鉴补》，列举通鉴有七病（漏、复、紊、杂、误、执、诬）。
近人岑仲勉认为《通鉴》对牛僧孺说“失一维州，无害其（吐蕃）强”的评价有偏颇之嫌，司马光还不惜歪曲事实，玩弄文字游戏，并批评《通鉴》“怀挟私见，丧失了史家的公正立场”。岑仲勉还写有《通鉴隋唐纪比事质疑》，自称纠正《通鉴》的谬误，共670余条。
