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日志

专家:方舟子胡乱打假 NgAgo

已有 9062 次阅读2016-8-7 09:33 |个人分类:科普|系统分类:科技| 方舟子

听了方舟子博士的英语,我瞬间就自信了!.mp4

已有 2143 次阅读 2016-8-6 16:48 |系统分类:科研笔记

有分子生物方面的专业人士想指出方舟子在韩氏 NgAgo 评论中的错误,但怕遭到方舟子打击报复,方舟子这样简直是白色恐怖嘛。

首先,我就方舟子对韩春雨论文中的几个电泳图提出的质疑说两句。方舟子认为这些电泳图是韩春雨造假的证据。据方舟子说,韩氏电泳图上条条在运动方向中间落后、两侧超出,不可能,肯定造假,而且是低级的PS。对此,有方舟子“超级粉丝” 非常诚恳地向他指出,在分子较小时这个现象经常发生,并不见得是造假。这条信息方舟子登在了新语丝网站上了,http://www.xys.org/xys/ebooks/others/science/dajia17/hanchunyu5.txt  应该算是承认了这个可能。网上搜索电泳图,类似的情况经常出现。大家可以去查查。

博主补充:我补充下面这个图




下面是专家就 JesseCai 的分析做出的评论。专家的评论我原文拷贝、用不同背景 颜色显示,我是外行,大家自己判断。科学辩论不是请客吃饭,对就是对,错就是错。

http://image.sciencenet.cn/home/201607/16/160051u2pvrb6rrpsz2zb2.jpg


 

注1:蔡说图4a中,G6和G13相距30nt,但条带没有差异。是为了说明图4b中的差异有问题。方舟子被误导,居然以为G6和G13应该有30nt的差异。

注2:凝胶电泳只是粗略地估计分子量大小,这种电泳条带的小幅位移,往往是由于样品成分如盐分,DNA纯度,蛋白质等造成的阻滞效应,根本不足以判断真正的分子量大小,只有通过测序才能确证。

注3:就算NaAgo切割产物比Cas9都变小了,那也很正常。因为NaAgo和Cas9都只是切割基因组DNA,去掉几个碱基是内源核酸酶干的活。因为二者切口不同,所以去掉的碱基数目也不同。这再正常不过了!

结论:

方舟子对分子生物实验一窍不通,根本没有资格打假,只依靠道听途说!


补充:蔡注解5最后一句说:“韩文有数据说NgAgo不能切割线性DNA”,据此推断“NgAgo不能切割基因组,因为基因组DNA就是线性的”,这是没看懂韩的论文,而且反映了[..]分子生物学基础很差。韩的论文中的原文是:”NgAgo did not cleave linearized plasmid or ssDNA (Supplementary Fig. 3). These data 

suggest that NgAgo is not an exonuclease.“, 意思是NgAgo 不能单独切割线性质粒DNA和ssDNA,也就是说必须有ssDNA和质粒DNA同时存在时才能切割,这说明NgAgo是内切酶而不是外切酶。

 

专家回复:需要学习的是你自己,既然发过几篇论文,怎么连个电泳图也看不懂?在图4e中,虽然NgAgo和Cas9的guider序列相同,但他们是不同的内切酶,切割位点不同。Cas9的切割位点在距离PAM序列四个碱基的位置,而NgAgo的切割位点是靶点内的序列,并且会随机抹掉一段靶点内的序列。

切割之后,在细胞内由内源核酸酶去除几个碱基,内源连接酶修复DNA双链切口,并造成突变型。

检测时,PCR扩增目标序列,由于野生型和突变型之间,NgAgo和Cas9切割位点处的差异,T7消化在再次从NgAgo和Cas9切割位点处切断。NgAgo和Cas9切割位点不同,产物长度自然不同。

NgAgo会随机抹掉一段靶点内的序列,所以产物较小。

verstehen?


图4a中,不同的guider DNA虽然位置有所不同,但被NgAgo的切割,并且随机抹掉一段靶点内的序列后,两端的长度在不同gDNA之间就都差不多了。





http://blog.sciencenet.cn/blog-684007-994919.html 

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发表评论评论 (42 个评论)

[42]plantcris  2016-8-7 08:54
高教授,其实生命科学还是很重要的,基本上要用到各学科的知识。生命现象也是最复杂的,它包括了无数的物理,化学,数学的东西。我们能在这里讨论,我觉得这本身就很神奇,只有生命才能做到。至于我自已觉得我还没有抓到生命科学的皮毛。
[41]高山  2016-8-7 08:51
40楼讲的,这部分,我本想大家都做到图3,讲图4的时候
再说,现在为了怕大家没理解我那句话,只好解释一下。
解释的比较简单,估计岳博士明白是没问题的
[40]高山  2016-8-7 08:48
岳博士,我想说的意思是,由于NgAgo切割的bp数量
可以达到很多,因此越长越不容易修复
修复最快应该就是简单切开,然后是少1bp等等
所以,NgAgo切割效率就算很高,后面修复慢,
你得到最后的综合结果,效果不一定比cas9好。
很多更细致的东西,今天先到这里,我就不多讲了。
博主回复(2016-8-7 09:02)这篇文章只对方舟子等人的说法是否正确进行评估,不讨论 NgAgo 的优劣。
[39]高山  2016-8-7 08:44
岳博士,先不要补充,我讲的,和你补充的不是一回事
咱们到此为止,等大家都把做出来的图3放上来,我们继续
博主回复(2016-8-7 08:54)这个 Fig3.b 说明切割机制是最直观的。
[38]高山  2016-8-7 08:40
[37]plantcris,差不多,前面我博文讲过
所谓 编辑效率,是切割+链接 两个过程之和,我讲的一般都是精华
提点一下,不扩展,大家后面慢慢理解,就知道这几句话的要害了
博主回复(2016-8-7 08:42)gDNA 长度达到 20 bp,可以实现精确定位,这是关键。
[37]plantcris  2016-8-7 08:34
不知我是否看错了,NgAGO和CRISPR应该是广义的限制性内切酶,这个限制主要体现在guide上,其切割方式与普通限制性内切酶相似。我们现在检测到的突变产生于两个过程,剪切和修复,其实上面的两种工具看作剪刀比较合适。至于缺失片段大小,剪刀控制不了,因为只剪一次,缺失片段大小由细胞中修复系统决定。
博主回复(2016-8-7 09:04)应该说一般 restriction enzyme 识别一个很短的序列
博主回复(2016-8-7 08:59)还学了一词: Methylation
博主回复(2016-8-7 08:40)我的理解(根据我在 YOUTUBE 上看的),一般的 restriction enzyme 是一个很短的序列,细菌本身DNA上也有。NgAgo 是根据目标的DNA。
[36]huaihain12345  2016-8-7 08:33
南开大学也算是一个很有名气的大学, 难道能容忍你们的副教授, 想混混那样在科学网耍泼, 该不该清理门户?
[35]高山  2016-8-7 08:22
岳博士,是否题目改一下
方舟子老师分子生物学知识欠缺
博主回复(2016-8-7 08:27)不知其他读者认为你这个标题如何。
[34]gusij  2016-8-7 08:19
讨论专业问题当然好,可是”专家:方舟子对分子生物实验一窍不通“这个题目起的简直毫无道理。
我不是方粉,有自己的判断能力,但是在科学网上看到的关于韩的整个事件,让我开始非常鄙视”方黑“。
[33]高山  2016-8-7 08:17
岳博士,转发也不太好吧,我建议还是
1. 方舟子的旗帜要维护,这是个小小技术故障,况且这图没问题,也不能说明韩没造假;
2. 对于有个人匿名讲x博士的,我看就讲一下原理,不要针对
还请三思
[32]高山  2016-8-7 08:12
[30]田云川  岳博士他们这些 搞数理化的 进入生物 很容易就称霸
我引用 清华 文教授讲的, 总体而言,智商相差确实很大。
数理化生天地,这个顺序是有道理的
当然,现在是 数理化天地生,主要是因为生物就业太差了
博主回复(2016-8-7 08:19)我在上面补充了 Fig3 .b 。免得还有人搞不清楚
[31]huaihain12345  2016-8-7 08:07
看了楼下一系列高山的言行,高山,说你是学术界的混混,都算是在夸你
[30]田云川  2016-8-7 08:05
物理是技术、化、天、生、地的基础,物理研究的目的首先就是寻找不变量,次之是在变量中寻找规律(不变性),实验的重复性是基本要求。生、地的影响因素多重复性差,但重复性是防造假的唯一办法,也是提高生、地科学性的唯一办法,应该给一段恰当的时间,小保方是一年,这里应该给半年,地学的时间应更长。
[29]高山  2016-8-7 08:01
博主回复(2016-8-7 07:55):你的话有时比较 cryptic。我给 plantcris 解释下,NgAgo 带宽体现了切割产物片段的长度的分散。
你这句话讲得好,我那个不通俗不易懂,其实,外专业的进来,如果真理解了,你们更容易取得成就
第一,不受本专业框框舒服;第二,理解通俗,越通俗越深入
[28]高山  2016-8-7 07:57
能把 韩工作看懂的,要有基因组,生物物理,蛋白质结构,分子实验等很多方面的基础,分子生物学实验出身的,对基因组的复杂度理解都不全面,容易简单相信流程说的,对复杂情况估计较少。
我做过的 小小微生物,就有repeat 3k出现很多次,电泳出来就是乱的,这类都是积累,老韩的这些图相对简单多了。况且,依他的水平,真要是作假,也不可能谁都能看出来。
没有生命科学10年以上打拼,多个领域的实际经验,想都不要想,更不要提质疑。
[27]高山  2016-8-7 07:46
[21]plantcris 你看看我19楼的点评,又可以提高很多
这么一个小细节,我图看多了,过一眼
就把里面所有信息都 扎出来
博主回复(2016-8-7 07:55)你的话有时比较 cryptic。我给 plantcris 解释下,NgAgo 带宽体现了切割产物片段的长度的分散。
[26]plantcris  2016-8-7 07:45
我理解,NgAGO应该是炸弹,gDNA是控制炸哪儿的北斗系系统。
博主回复(2016-8-7 07:50)你可能把它当成 restriction enzyme 了,一剪刀切下去。
[25]高山  2016-8-7 07:44
[20]minjialun, 我讲了,13楼有错误,我就不评判了
虽然后续 岳博士 讲一下,她自己就慢慢明白了

岳博士,你既然明白了,就直接讲 技术,不要点名,不要针对某个人,人家也要吃饭
如何?
[24]高山  2016-8-7 07:42
岳博士,我讲过,就凭你的脑袋,和基础,进入生物领域
很快就能成为高手,你现在相信了吧
但是我毫不客气的讲,这并不能说明你很厉害
只是生命科学里面 动脑子的人少
[23]高山  2016-8-7 07:41
【22】plantcris  蔡博士讲的,有问题,你先不用看。
岳博士,不要四处出击,对于蔡博士的错误,我建议你到此为止了
我们通过这次 韩的论文,可以普及一下 分子生物学实验知识
把一些问题搞清楚就好
不必过多争执,前面很多人讲的很多错误,我都没有 指出

我这人尽量团结别人,不过,有一些坏分子对我进行迫害,如果我知道是谁
我弄死他。
博主回复(2016-8-7 07:52)我是纯外行,哪敢评价蔡博士?绿色背景内容是转帖啊。
[22]plantcris  2016-8-7 07:24
有蔡博士和高博士这样的高人在,我和岳博主提高都很快,无论谁对谁错,学到知识就是硬道理!
博主回复(2016-8-7 07:36)我前面有个科普说 NgAgo 是导弹。NgAgo 的剪切机制是根据 gDNA 随机打掉可能多达 20个 nt, 从剪切位置是不能结论长度的。
[21]plantcris  2016-8-7 07:14
高博士,谢谢你的回复l通过你们专家的交锋我学到了很多(我是生物专业的)。前些天看了老外用Surveyor,而韩用的T7E1,我查了一下,前者用的是CEL I,也是切割DNA双链错配,也就是突变的地方,可能前者比后者效果稍差,不知是否正确?
[20]minjialun  2016-8-7 06:58
别自说自话,回应一下13楼先
岳博士这位专家的名号呢?只是一个专家容易让人联想成砖家。
[19]高山  2016-8-7 06:50
既然岳博士把图4搬出来了,有人让我说说,我看是躲不开了
我再给 分子生物学 实验的 一些研究生 讲讲你的注解 3
3  不仅说明NaAgo切了几个bp,而且NaAgo的条带宽,不如Cas9集中
恰恰说明,他切的几个bp是不确定的,也就是说可能是1,2,5,等等
所以造成了宽
不仅不是问题,恰恰与前面的切割原理一致

不过,老韩作为一个老炮,如果作假,这张图,也可以做
[18]高山  2016-8-7 06:46
[9]plantcris, 岳博士讲的基本上都对
他肯定 自己查了分子生物学 很多东西
博主回复(2016-8-7 07:32)我只是在 YOUTUBE 上看了些 10分钟的短片,动画很生动。
[17]高山  2016-8-7 06:43
岳博士,你现在分子生物学水平已经很高了
目前为止,出来说话的这些,你已经和他们水平差不多了

不过,我还是建议,政治上不要犯错误
方老师这次出手,就是方向性错误
如果我们大家与方老师形成内讧,也是方向性错误
博主回复(2016-8-7 08:00)下面的话我是开玩笑啊。
博主回复(2016-8-7 07:31)看来,我可以招博士后发论文了 -- 我的任务就是搞清概念...然后签名。  

注意啊,我是转帖。
[16]高山  2016-8-7 06:40
岳博士,刀下留人,你的“注1”
一下子就把方老师 打倒了。
这是技术故障,方舟子这面旗帜还是要保
[15]高山  2016-8-7 06:37
本人再次强调,方老师打假功劳第一,就算韩的工作没有全懂,出现一点技术错误,完全可以接受。
韩春雨问题上要坚决团结方舟子 
http://blog.sciencenet.cn/blog-907017-994595.html

希望方老师尽快回到人民一边,看清形势,不要被大陆黑恶势力利用
[14]蔡宇伽  2016-8-7 04:57
你的理解是对的!!
--------------
蔡指出韩图4a的不正常是正确的。给你们简单地解释,上面的那条带表示没有切的一条线(DNA)的全长,在G6和G10中一样。G6表示在这条线的某个地方切一下,变成两条,就是你看到的G6下面两条带(中间和下面的条带)。G10下面的两条带同G6。由于G6和G10相距30nt,切出的带应该有差别!而图4a中根本看不出差别。图4b中两种方法切出的条带差别应该很小,因为选的切点非常相近。而韩的图4b中显示的差异又太大。图4b中,后3条泳道中间条带变小,下面一条也应该变大(这也不正常)。
[13]蔡宇伽  2016-8-7 04:46
是谁在说我‘基础很差’啊,来来,出来走两步。
国内是不是流行动不动说‘你不懂’,‘你基础很差’啊(然后,就证明了自己牛)?在基因编辑领域,本人恐怕要比科学网上绝大多数人都资格更老。早在CRISPR发明之前,本人就已经从事基因编辑研究了,使用过各种基因编辑工具包括ZFN, TALEN, CRISPR。虽然我不是这些工具的发明人,但本人在开发基因编辑工具递送载体领域也算小有名声,多次受邀在国际会议做口头报告撰写综述,合作者包括CRISPR的发明人之一。鄙人不才,开发的递送工具被国际同行不吝以‘二次革命’形容。但是,但是,我有说过类似‘你不懂’,‘你基础很差’之类的话吗?凡是科学素养好的人,‘你不懂’,‘你基础很差’后面都是跟着,‘是我没解释清楚’‘是我没教好’。
本人文章发在eLIFE(两篇),Nucleic Acids Research,Current Gene Therapy,Gene Therapy等,如果没听说过eLIFE,请谷歌之。不知那位说我基础不好,不妨也请靓靓你的文章。
我知道你们这些人会耍赖,的确,4a,4e分开看没有问题。但是,请把注1,2,3连起来看!G6和G13两个切割位点相距30bp,T7切割产物无法在胶上区分开,你们解释为‘阻滞效应’。好,那我要问你了,4e两个切割位点重合(小于30bp),怎么却又区分开了呢??这不是自相矛盾吗?如果你不服,我还可以举出自相矛盾的地方来(暂且先留着)!还有,我看你似乎并不懂t7工作原理,请自行学习先!
最后一个注解是我的猜想,不一定对。我担心韩看到了NgAgo能体外切割DNA,就简单的认为,NgAgo肯定能切割基因组,而事实上由于基因组特殊的结构和修饰等原因造成NgAgo无法切割。由于这么多组没法重复出基因组切割,看来我的猜想是对的可能性越来越大:)
[12]张义国  2016-8-7 02:36
科学网—“韩果”之学术争论,因其长期游离于圈子之外而未遵守学术规矩? - 张义国的博文
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2554763&do=blog&id=994970
[11]李颖业  2016-8-7 00:19
[1]foundation  2016-8-6 17:23
博主,,等着一堆方粉来攻击你吧
方粉在岳博主面前绕道走的  
[10]ThermoCool  2016-8-6 22:26
方舟子的质疑不完全是方舟子自己的专业,很大程度源于实名专业人员给新雨丝的爆料,当然方舟子也有可能因为不够专业而用错了料,这不重要,重要的是爆料,不是判决。
[9]plantcris  2016-8-6 22:11
更正,G6和G13,我建议还是找高山谈一下,我相信他可以看懂,纯学术讨论。错了我认,算我学习!
[8]plantcris  2016-8-6 22:05
蔡指出韩图4a的不正常是正确的。给你们简单地解释,上面的那条带表示没有切的一条线(DNA)的全长,在G6和G10中一样。G6表示在这条线的某个地方切一下,变成两条,就是你看到的G6下面两条带(中间和下面的条带)。G10下面的两条带同G6。由于G6和G10相距30nt,切出的带应该有差别!而图4a中根本看不出差别。图4b中两种方法切出的条带差别应该很小,因为选的切点非常相近。而韩的图4b中显示的差异又太大。图4b中,后3条泳道中间条带变小,下面一条也应该变大(这也不正常)。
[7]胡大伟  2016-8-6 21:53
不做亏心事,不怕鬼叫门! 
[6]yunpeng3  2016-8-6 21:19
老方力不胜任。以为踢到了韩春雨的软肋,却踢到了石头上。
[5]jingr  2016-8-6 21:03
方舟子可能缺少相关实验的经验,造成对电泳图片的误判。
[4]蔡小宁  2016-8-6 20:07
博主文中提供的那个新语丝链接打不开,下面这个可以打开:http://xys8.dxiong.com/xys/ebooks/others/science/dajia17/hanchunyu5.txt
方舟子好像意识到自己犯了错。
[3]photonphonon  2016-8-6 19:27
怕方舟子打假,不敢露面。哈哈,这货虚得不行啊。你问问高山,他怕不怕
[2]田云川  2016-8-6 17:41
   
BNT的编辑和审稿不是容易骗的。
博主回复(2016-8-6 17:43)韩又不是什么名人,搞这么大题材,NBT第一反应就是怀疑。
[1]foundation  2016-8-6 17:23
博主,,等着一堆方粉来攻击你吧
博主回复(2016-8-6 17:28)    方粉都是很弱的。不弱,怎么会成为方粉呢?所以,我一向歧视方粉。

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